Stosownie do brzmienia art. 40 ustawy o VAT, w przypadku, gdy kwota podatku (z tytułu importu) została nadpłacona, podatnikowi nie przysługuje zwrot nadpłaconego podatku, jeżeli kwota nadpłaconego w imporcie podatku pomniejszyła kwotę podatku należnego. Przepis ten odnosi się do częstych w praktyce sytuacji, w których podatnik dokonujący importu towarów deklaruje i dokonuje zapłaty zawyżonych kwot podatku, co wynika przykładowo z przyjęcia złych kursów przeliczeniowych lub z różnicy w ilości dostaw wykazywanych na fakturach a rzeczywistymi dostawami.
Początkowo organy podatkowe stały na stanowisku, że w sytuacji, gdy podatnik skorzystał z prawa do odliczenia całości kwoty podatku należnego z tytułu importu towarów, wynikającej z pierwotnego dokumentu celnego i deklaracji importowej, a następnie okazało się, że kwota podatku zapłacona przy imporcie towarów została nadpłacona, mógł na podstawie przedmiotowego przepisu zachować dotychczasowe odliczenie, nie nabywając jednocześnie prawa do ubiegania się o zwrot nadpłaty. W konsekwencji na podatniku nie ciążyły obowiązki związane z korektą rozliczeń z tytułu VAT, wynikające z zasad ogólnych (tj. pomniejszenie odliczonego wcześniej podatku naliczonego, a następnie ubieganie się o zwrot nadpłaty).
Z czasem jednak zaczęła się kształtować niekorzystna dla podatników linia interpretacyjna w tej kwestii. Nie kwestionując samego uproszczenia wynikającego z art. 40 ustawy o VAT, organy podatkowe zaczęły wskazywać, iż w zakresie w jakim zapłata VAT importowego była niezasadna (bo np. podwójnie naliczono podatek lub stwierdzono różnice ilościowe), kwota podatku nie podlega odliczeniu z uwagi na art. 88 ust. 3a pkt 4 ustawy o VAT. W myśl tego przepisu, podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z dokumentu celnego, w części dotyczącej czynności, które nie zostały dokonane. Prawo do odliczenia przysługuje w tym ujęciu tylko w części, w jakiej dokument odzwierciedla dokonaną transakcję (tak w interpretacji Dyrektora KIS z 20 lipca 2021 r., nr 0114-KDIP1-2.4012.222.2021.1.RST, w której zakwestionowano odliczenie VAT od importu, w którym przez pomyłkę zawyżono wartość statystyczną towaru i zapłacono zawyżony podatek).
Konsekwencją przyjęcia powyższego stanowiska jest pozbawienie podatników prawa do odliczenia podatku naliczonego (w dodatku przez tych samych podatników wcześniej zapłaconego), co godzi w podstawową zasadę prawa wspólnotowego tj. zasadę neutralności VAT i dodatkowo – wypacza sens istnienia regulacji zawartej w art. 40 ustawy o VAT. Wypada mieć nadzieję, że sądy administracyjne, do których spory na tym tle prędzej czy później trafią, będą prezentować szersze i bardziej racjonalne spojrzenie na problem.
