23 lipca 2025 r. Prezydent RP podpisał ustawę zmieniającą przepisy podatkowe, uchwaloną przez Sejm 25 czerwca 2025 r.
Wprowadza ona istotną dla przedsiębiorców działających w ramach Polskiej Strefy Inwestycji (PSI) oraz Specjalnych Stref Ekonomicznych (SSE) zmianę ustaw o podatku dochodowym od osób fizycznych i prawnych. Nowelizacja przepisów przeprowadzona została w ramach pakietu ustaw deregulacyjnych i jej celem było zliberalizowanie sankcyjnych przepisów odnoszących się do zasad zwrotu udzielonej pomocy.
Te restrykcyjne przepisy obowiązują od połowy 2018 r. i stosuje się je do wszystkich dochodów w ramach PSI oraz do dochodów w ramach SSE osiągniętych od 1 stycznia 2019 r. Odnoszą się one do skutków uchylenia zezwolenia lub decyzji o wsparciu, co może być efektem m.in. zaprzestania działalności na obszarze objętym wsparciem, rażącego naruszenia warunków decyzji lub niewykonania zaleceń pokontrolnych. Takie skutki są różne w przypadku przedsiębiorcy korzystającego z ulgi na bazie jednego zezwolenia albo jednej decyzji o wsparciu i różne, jeśli podstaw do korzystania z pomocy publicznej jest więcej. W obu przypadkach należy zwrócić niezasadnie otrzymaną pomoc w postaci ulgi podatkowej. Inaczej jednak kalkulowana jest jej wysokość.
W przypadku inwestora, który korzystał z ulgi na bazie jednego zezwolenia albo decyzji zasady są jasne i pokrywające się z dotychczasowymi (tj. sprzed połowy 2018 r.) regułami – inwestor ma zwrócić ulgę podatkową z której faktycznie skorzystał. W tym zakresie nowelizacja nie przewiduje zmian.
Dotkliwsze sankcje mogą natomiast spotkać podatników rozliczających ulgę na bazie więcej niż jednego zezwolenia czy jednej decyzji. Zgodnie z przepisami wprowadzonymi w 2018 r. w przypadku uchylenia jednej z podstaw do korzystania z ulgi podatkowej, inwestor zobowiązany jest do zwrotu kwoty stanowiącej maksymalną dopuszczalną pomoc publiczną określoną w zezwoleniu lub w tej uchylonej decyzji o wsparciu. Oznacza to, że zwrotem objęte są kwoty pomocy, z których dany podatnik wcale nie musiał skorzystać.
W ramach deregulacji nie uchylono sankcyjnego przepisu, lecz wprowadzono jeden wyjątek od zasady zwrotu kwoty stanowiącej maksymalną dopuszczalną pomoc publiczną wynikającą z uchylanych: zezwolenia lub decyzji. Wyjątek ten dotyczy sytuacji, gdy inwestor korzystający z pomocy publicznej w oparciu o więcej niż jedno zezwolenie / decyzję prowadzi „ewidencję rachunkową, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie dochodu z działalności określonej w cofniętym zezwoleniu lub w uchylonej decyzji o wsparciu oraz kwoty podatku niezapłaconego od tego dochodu”.
Jak czytamy w uzasadnieniu do nowelizacji „Zmiana ta ma na celu złagodzenie podatkowych skutków zwrotu maksymalnej pomocy w przypadku uchylenia DoW lub cofnięcia zezwolenia, jeżeli podatnik na podstawie prowadzonej ewidencji rachunkowej będzie w stanie wyodrębnić faktycznie wykorzystaną pomoc publiczną w formie niezapłaconego podatku. Wówczas, w razie cofnięcia zezwolenia bądź uchylenia DoW podatnik zwraca wyłącznie tylko taką kwotę podatku, jaką faktycznie otrzymał (…).”
Wprowadzone złagodzenie sankcji odnosi się do ewidencji rachunkowej, z której powinna wynikać wartość zwolnionego od podatku dochodu związana z danym zezwoleniem lub decyzją. W tym kontekście należy przypomnieć, że ugruntowana i zaakceptowana w interpretacji ogólnej MF z 25 października 2019 r. oraz w objaśnieniach z 2020 r. praktyka rozliczania pomocy w ramach wielu zezwoleń / decyzji w przypadku braku możliwości zastosowania tzw. podejścia projektowego zakłada łączne rozliczanie pomocy. Inwestorzy generujący jednorodne (tzn. objęte tymi samymi kodami statystycznymi) dochody w oparciu o całą masę majątkową pomoc publiczną rozliczają zgodnie z zasadą FIFO, co jest zgodne z art. 13 ust. 6 ustawy o wspieraniu inwestycji.
Jak rozumiemy chodziło o to, by na podstawie ewidencji rachunkowej móc „wyodrębnić faktycznie wykorzystaną pomoc publiczną w formie niezapłaconego podatku” przez podatnika korzystającego z ulgi na bazie więcej niż jednego zezwolenia. Należy wskazać, że z uwagi na konieczność dyskontowania pomocy publicznej w odniesieniu do konkretnego zezwolenia i fakt podawania szczegółowych informacji w załączniku do zeznań (CIT-8S w zakresie CIT oraz PIT/SE w zakresie PIT) zawsze można wskazać, ile pomocy publicznej uzyskano w odniesieniu do danej podstawy korzystania. Tak więc to niekoniecznie „ewidencja rachunkowa” jest źródłem danych w zakresie ulgi podatkowej związanej z konkretnym zezwoleniem czy decyzją, lecz kalkulacje dokonywane już po tym, jak operacje zostały w tych księgach ujęte.
Podsumowując - organy podatkowe dysponują informacjami, z których wynikają wartości pomocy publicznej otrzymanej na bazie poszczególnych zezwoleń czy decyzji. Nie powinna zatem powstać obawa, będąca prawdopodobnie źródłem sankcyjnych rozwiązań, że w przypadku uchylenia jednej z wielu podstaw korzystania z pomocy publicznej nie będzie wiadome, ile danej pomocy należy zwrócić.
Jako że chodziło o deregulację w postaci złagodzenia restrykcji to naszym zdaniem należy przyjąć taką interpretację nowych przepisów, która będzie do pogodzenia z ich celem (wykładania funkcjonalna) i całokształtem regulacji odnoszących się do PSI / SSE (wykładnia systemowa). Uważamy, dane zapewniające „określenie dochodu z działalności określonej w cofniętym zezwoleniu lub w uchylonej decyzji” powinny bezsprzecznie wynikać z dokumentacji posiadanej przez podatnika. Na dokumentację tę powinny się składać: księgi rachunkowe, gdzie na wyodrębnionych kontach księgowane są przychody związane z działalnością zwolnioną, prawidłowo sporządzony arkusz dyskontowania wraz z przyporządkowaniem pomocy do poszczególnych zezwoleń / decyzji metodą FIFO, jak również prawidłowo wypełniony załącznik do zeznania rocznego CIT-8S (PIT/SE).
Należy mieć nadzieję, że właśnie taka interpretacja nowych przepisów się utrwali. Zapraszamy do kontaktu, gdyby chcieli Państwo przeanalizować wpływ nowych przepisów na Państwa sytuację.
